این بندر با داشتن ۳۸ اسکله فعال به طول ۷ کیلومتر، بندر امام خمینی بزرگترین بندر فعال ایران است.
اداره کل بنادر و دریانوردی و اداره گمرک استان خوزستان در این بندر واقع شده‌است. بندر امام خمینی در دوره پهلوی بندرشاهپور نام داشت برای توسعه صادرات و واردات ساخته شد و خیلی زود به قطب اقتصادی خوزستان تبدیل شد.
بندر امام خمینی بعد از بندر شهید رجایی بزرگترین بندر تجاری ایران است که راه‌آهن سراسری آن را به پایتخت پیوند می‌دهد. طول اسکلهٔ تجاری مجتمع بندری امام حدود هفت کیلومتر است و سالانه سی میلیون تن کالا را پذیرش می‌کند. از این رو از بزرگترین و مهم‌ترین پایانه تجارتی دریایی کشور است.
تاریخچه بندر امام خمینی
همزمان با احداث راه آهن سراسری کشور در سال ۱۳۰۷ هجری شمسی، ۲ پست اسکله چوبی در شمال غربی خلیج فارس و در انتهای آبراه خورموسی ( با موقعیت جغرافیایی ۳۰ درجه و ۲۵ دقیقه شمالی و ۴۹ درجه و ۵ دقیقه شرقی ) ساخته شد. پس از چندی به بندر شاپور موسوم گشت و سه سال بعد به مهم‌ترین مرکز ورود و خروج کالا تبدیل شد. در سال ۱۳۵۲ محل سکونت اهالی این نقطه، از کنار اسکله‌ها به شهر بندر امام خمینی (ره) انتقال یافت و زمینه برای توسعه هرچه بیشتر بندر مهیا گردید؛ پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ایران، این بندر به بندر امام خمینی(ره) تغییر نام یافت و در سال ۱۳۶۱ با تصویب هیات وزیران رسماً بندر امام خمینی(ره) نام گرفت و شروعی نو را پایه نهاد. بندر امام خمینی(ره) حرکت به سوی تحول را از همان دو اسکله چوبی آغاز نمود و امروز با انجام بیش از ۱۵% از کل تجارت دریایی کشور، نوید توسعه‌ای پایدار را برای منطقه از طریق صنعت حمل و نقل می‌دهد.
بندر امام خمینی(ره) در اوایل دهمین دهه از آغاز فعالیتش، اکنون به عنوان یکی از مهم‌ترین قطب‌های حمل و نقل منطقه‌ای به ایفای نقش می‌پردازد. این بندر در سال ۱۳۹۰ پس از تغییر رژیم حقوقی خود از یک بندر عادی به منطقه ویژه اقتصادی و الحاق اراضی مجاور، هم اکنون با بالغ بر ۱۱ هزار هکتار مساحت، بزرگ ترین منطقه ویژه اقتصادی کشور را تشکیل می‌دهد.
ویژگی های بندر
نزدیک ترین بندر جنوبی به مراکز صنعتی و جمعیتی کشور
کوتاهترین و مطمئن ترین پل ارتباطی با کشورهای عراق، ترکیه، حوزه قفقاز و اروپای شرقی
بهره مند از پتانسیل‌های مناسب پسکرانه‌ای جاده‌ای، ریلی و هوایی
اتصال به شبکه راه‌های اصلی ترانزیتی و راه آهن سراسری کشور
نزدیکی به فرودگاه های ماهشهر، آبادان و اهواز در فواصل ۱۸، ۱۰۰ و ۱۱۰ کیلومتری
مناسب‌ترین بندر کشور جهت ترانشیپ کالا به کشورهای حوزه خلیج فارس
برخورداری از پتانسیل‌های لازم به منظور توسعه صادرات مجدد کالا
نقش موثر در اقتصاد ملی و تجارت خارجی به عنوان دومین بندر مهم کشور
وجود ترمینال‌های اختصاصی، کانتینری، عمومی، فرآورده‌های نفتی و مواد معدنی
قابلیت تخلیه و بارگیری کشتی‌های کانتینری پست پاناماکس (نسل چهارم) و کشتی‌های با ظرفیت ۱۵۰ هزار تن
بهره‌مندی از تجهیزات پیشرفته بندری و دریایی به منظور ارائه خدمات سریع و ایمن به کشتی و کالا
برخورداری از سیستم تک پنجره (Single Window) به منظور ارائه خدمات متمرکز به مشتری
برخورداری از سیستم مدیریت یکپارچه (IMS) و سیستم بین المللی امنیت اطلاعات (ISMS)
سیستم پرداخت الکترونیک از طریق سیستم (PSPOS)
برخورداری از سامانه هوشمند حواله‌ی الکترونیکی کامیون (ETT)
